از آنجا که یک نینجا می بایست به سرعت حرکت کند پس لباس های او سبک بود ، همچنین به علت نیاز یک نینجا باری مخفی شدن حتی در روز ، بنابراین رنگ لباس های انها باید نا محسوس می بود .

رنگ هایی که معمولا استفاده می شد : رنگ های آبی تیره ، قرمز تیره و مایل به قهوهای ، قهوه ای و خاکستری بود . با وجود اینکه رنگ مشکی از همه رنگه معروف تر است ، اما به دلیل اینکه در تاریکی زود چشم را می گیرد ، از آن در مراسم مذهبی استفاده می شد.

همچنین از رنگ آبی معمولی در تمرینات استفاده می گشت

یک دلیل استفاده از رنگ آبی تیره ، علاوه بر استتار خوب ، دور کردن مار های سمی بوده است ، همانند گاوچران های غرب که از شلوار کتان آبی استفاده می کنند .

نینجا های خطرناک ، به دو دلیل رنگ قرمز را می پوشیدند : این نوع قرمز استتار خوبی در شب داشت ، و اگر نور به آن تابیده می شد رنگ قرمز روشن می گرفت و با استفاده از خرافات آن زمان و نقاب هایی با شکل شیطان ، باعث ترس و وحشت حتی در دل سربازان می شد .

رنگ قهوه ای تیره هم استتار خوبی رد مناطق کوهستانی و شب داشت

همچنین کونواچی های ایگا در محل کمپ سکونت خود از نوعی رنگ صورتی استفاده می کردند .

در کمپ های 4 گانه ( فصلی نینجا ) که به آموزش های خاص می پرداختند بعضا از رنگ زرد و یا سفید استفاده می شده ولی هیچ منبع معتبری ذکر نکرده که لباس عملیاتی نینجا ها به رنگ زرد هم بوده است

از نوعی لباس 2 رو که به رنگ آبی تیره و سبز تیره بوده است برای استتار در منطق کوهستانی با پوشش گیاهی فراوان استفاده می شده ( معمولا کوهستان های زاپن سرسبز و پوشیده از نوعی درخت چینی با ارتفاع معمولی بوده است )

همچنین گفته می شود که در مناطق برفی از رنگ سفید استفاده می شده ، البته منبع معتبری آن را تایید نکرده ، و از آنجا که نینجا ها در شب به عملیات می پرداختند و در موقع عملیات کمتر در فضای لخت و ساده بوده اند ، بعید می رسد که همچین چیزی حقیقت داشته باشد .